此人谋反本应诛九族，康熙知道他祖先姓氏后，
春秋时期儒学思想兴起，随后影响了后世上千年，直到今天也有极高的教育意义，作为中国历史上最伟大的思想家、教育家，孔子自认“述而不作”，后世将尊称为“至圣先师”，留下的著作含义深刻，被世人视作真理。
美国艾默生认为，孔子不仅仅是中国人的骄傲，也是全人类的“先师”，以“仁”和“礼”为中心的治国方针，无论是哪种社会体制都适用，孔子的主张打破了贵族与庶民间的界限，表现出来的人道主义精神是政治思想的精华所在。
孔子的思想得到了后世众多政治家传承，西汉董仲舒提倡“罢黜百家，独尊儒术”，实行思想大一统，只有这样才能长治久安，自此以后，历代帝王对孔子学说尊崇有加，对孔氏一族给予特殊照顾，即便孔氏族人获罪，皇帝也不敢轻易动刑。
满清作为少数民族入主中原建立统治，一个最严峻的问题就是如何安抚汉人，毕竟汉人人口众多，清朝统治者只能采取安抚措施，汉人长时间接受汉族统治，已经形成了一种归属感，“反清复明”运动屡禁不止，为了避免陷入战乱，统治者注重选拔有声望的汉人为官，怪异网希望借助他们来巩固自己的统治，康熙皇帝掌权之后，掀起了学习儒家文化的思潮，不仅自己亲自拜访孔子故居，还对孔子后人表现出极大诚意。
孔子64代孙孔尚任，20岁时考中生员，虽然后来没有被录取，孔尚任从未放弃做官的梦想，为此孔尚任变卖家中财产，募捐得了一个“例监”，此后著书立说，成为清朝最杰出的戏曲作家，康熙21年，孔尚任受命监造祭祀用品，这是满清入关以后，第一次举行尊孔大会，皇族成员非常重视，孔尚任为众多大臣讲解儒家经典，被康熙破格提拔为国子监博士。
在此期间孔尚任被康熙尊孔的态度感动，表示会为朝廷效力终生，他认为自己终于找到了明君，康熙皇帝也认为孔尚任才华横溢，一路提拔，后来还让孔尚任远赴江南治理水患，治水的四年间，孔尚任郁郁不得志，逐渐对康熙是的赏识感到了怀疑，不过他需要依附于统治阶级，孔尚任的足迹走遍了南明故里，结识了许多具有高度民族气节的南明遗民，在他们的影响下，孔尚任搜集素材，创作了千古名剧作《桃花扇》，作品包含对大明的怀念，处处充满了亡国之痛。
《桃花扇》成书以后，各地反清势力如火如荼，不过天下已定，想要闹事也不容易，朝廷轻而易举的就解决了各方叛乱，随后许多大臣上书启奏，认为天下大乱都是《桃花扇》惹的祸，康熙命人严格查办，将书籍搜集起来集中销毁，随后下旨搜捕创作者，康熙震怒，决定诛九族处罚，不过当康熙知道《桃花扇》的“幕后主使”后，急忙又命人回来，当众说道“此人不能杀啊!”
孔尚任虽然有“谋反”罪过，他的身份却极为特殊，身为孔氏子弟，株连九族万万不可，甚至就连孔尚任也不敢轻易动手，康熙认为几千年来，孔子在汉人心中的地位越来越高，贸然出手很可能会激起民愤，因为一时气愤酿成大祸，这个后果康熙无法承受，康熙39年，朝廷下旨罢免孔尚任，具体原因并未说明，不过明眼人都知道孔尚任被免官与《桃花扇》脱离不了干系，不过也有人认为真实原因有待考证。
无论是否有关系，至少孔尚任保住了一命，心情悲愤的孔尚任返回老家，做过短暂的幕僚，随后在曲阜逝世。
孔尚任文学造诣极高，留下了众多文集，戏曲《桃花扇》广为流传，《桃花扇》先后历时10余年才完成，以侯方域和名妓李香君的凄美爱情故事为主线，塑造了一个个个性鲜明的人物形象，深刻地反映了南明王朝的兴衰历程，真实还原了当时的社会面貌，巨大的感染力吸引了数不清的观众竞相传抄，堪称清朝历史上最具教育意义的戏剧。
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